След няколко дена провежда така нар. Прищинска операция, като се възползва от неразборията в Кремъл по това време и взема разрешение подписано от Елцин, без никой от кабинета да е наясно какво точно следва. Чрез блестяща маневра успяват да минат между натовските войски и незабелязано да поемат през гората към Прищина преди всички. Това е с цел да се възползват от ”правото на първия”.
Така се оказват един ден преди всички и заели ключовите позиции. Посрещат английските части, които са шокирани и объркани до такава степен че без малко да не стане конфликт. В ютуб има разказа на Ивашов за операцията.
Имаше и кратко филмче на тази тема. Интересното е, че Ивашов е отзован от длъжността която изпълнява преди края на войната, след като почти не вкарва Русия във война с НАТО, като дава заповед дисантни войски да се предвижат в подкрепа.
Преди да се оттегли Елцин и да обяви като заместник Путин, извиква Ивашов и иска от него да излезе в отпуск до встъпването на Путин, както и да предаде ключовете, печатите и папката със секретните пароли докато е в отпуска. След стъпването си в длъжност Путин го връща в ген щаба.
По-късно, след скандал и несъгласие с военни експерти-реформатори излиза в пенсия. Назначен е от Путин като военен геополитически съветник. Много често критикува отстъпчивата политика на Путин и е сред най запалените му поддръжници по отношение на Сирия и Крим.
